Das Archiv der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität wurde während des Zweiten Weltkriegs erstmalig eingerichtet. Die ersten Ansätze zum Aufbau eines Archiv wurden durch die Bombenangriffe im Herbst 1944 zunichte gemacht. Nach  Ende des Krieges übernahm Prof. Walther Holtzmann die Aufgabe der Sichtung und Sicherung der alten Aktenbestände. Ihm folgte 1955 Prof. Max Braubach. Ihm ist es zu verdanken, dass in den Folgejahren der noch vorhandene Bestand an Akten des 19. und frühen 20. Jahrhunderts für die historische Forschung gerettet werden konnte. Dabei stellte sich heraus, dass viele Akten des 19. und fast alle Sachakten der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts vernichtet worden sind. Besonders gravierend sind die Lücken in der Überlieferung aus der Zeit der Weimarer Republik und des 'Dritten Reiches'. Weitgehend erhalten blieben dagegen die personenbezogenen Akten zu Studierenden und Professoren der Universität Bonn.

Das Archiv wurde nach längeren Vorarbeiten im Jahre 1961 für die Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Es konnte in die ehemaligen Räume der Universitätsbibliothek im Erdgeschoss des Universitäts-Hauptgebäudes einziehen, deren Magazine zur Weiternutzung durch die Archivare zur Verfügung standen.
Heute umfasst das Universitätsarchiv einen Gesamtbestand im Umfang von ca. 4.000 Regalmetern. Dazu kommt eine Dienstbibliothek mit ca. 10.000 Bänden.

Zu den Aufgaben des Universitätsarchivs gehören

• die Archivierung von Akten der Universitätsverwaltung und der akademischen Einrichtungen der Universität Bonn
• die Betreuung von Benutzer*innen der Archivalien
• die Herausgabe von Schriftenreihen der Universität
• die Erstellung der jährlichen Universitäts-Chronik
• diverse Aufgaben im Zusammenhang mit Öffentlichkeitsarbeit (Führungen, Vorträge etc.)
• das Erstellen von Studienbescheinigungen bis einschließlich Wintersemester 1994/95
• die Ausbildung von Fachangestellten für Medien- und Informationsdienste (Fachrichtung Archiv)