Der Ort Meckenheim wurde im Jahre 853 erstmalig urkundlich erwähnt. Grabungen seit dem 19. Jahrhundert belegen allerdings neben früheren römischen Landwirtschaftsbetrieben (villae) spätantike fränkische Besiedelungen, die sich zumindest bis ins 6. Jahrhundert datieren lassen. Zeitweise verfügten die Ezzonen über bedeutenden Grundbesitz in Meckenheim, der im Erbgang der polnischen Königin Richeza an das Erzbistum Köln fiel. Seit dem 11. Jahrhundert teilten sich zwei Grundherrschaften - St. Cassiusstift Bonn und das Stift St. Maria ad gradus Köln - die Lehenshoheit. Sie setzten die örtlichen Vögte und Schöffen ein und erließen die geltenden Weistümer. Die zeitweise ansäßigen Junker von Meckenheim, die auf der im März 1945 untergegangenen Burg residierten, waren selbst abhängige Lehensnehmer, die das Schöffenamt des Kölner Mariagradus-Stiftes ausübten. Die Erteilung der Stadtrechte im Jahre 1636 durch den Kölner Erzbischof und Kurfürsten Ferdinand von Bayern verhalf der Gemeinde zu einer gewissen Selbständigkeit gegenüber den beiden Grundherrschaften. Das Kölner Stift entledigte sich seiner Herrschaft in Stadt und Herrlichkeit 1726 durch Verkauf an den kurkölnischen Geheimen Rat Johann Friedrich de Cler. In der Folge übten überwiegend die Freiherrn de Cler bis ins 19. Jahrhundert die Bürgermeistergewalt aus. Mit der Besetzung des Rheinlandes durch französische Truppen verlor Meckenheim im Rahmen der kantonalen Neugliederung die Stadtrechte und ging in der neugeschaffenen Mairie Adendorf (ab 1815 Bürgermeisterei Adendorf) auf. Die nominalen Stadtrechte konnte Meckenheim innerhalb der preußischen Gemeindeordnung 1929 zurückerlangen. Eine erneute Umgliederung 1935 löste den bisherigen Landkreis Rheinbach auf, dem die Bürgermeisterei Adendorf zugehörte. Als Amt Meckenheim mit den Ortschaften Adendorf, Altendorf, Ersdorf, Fritzdorf, Lüftelberg, Meckenheim und Merl wurde es Teil des Landkreises Bonn. Die kommunale Neuordnung 1969 löste den alten Amtsverband auf, der sich seitdem aus Altendorf, Ersdorf, Lüftelberg, Meckenheim und Merl und zusammensetzt, und in die linksrheinische Seite des Rhein-Sieg-Kreises integriert wurde. Mit dem Ausbau als eine von fünf Planstädten in Nordrhein-Westfalen ab 1962 (neben etwa Hochdahl, Neue Stadt Wulfen und Sennestadt) wuchs Meckenheim nichts nur überproportional, sondern ist seitdem auch stadtplanungs- und architekturgeschichtlich ein besonderes Beispiel für die Geistes-, Kultur- und Technikgeschichte der Bundesrepublik.