Die Präsenzbibliothek des Stadt- und Kreisarchivs umfasst etwa 46.000 Bände, vor allem Literatur zur Geschichte des Paderborner Landes. Ein Sammelschwerpunkt ist die sogenannte Graue Literatur, d.h. Druckerzeugnisse, die nur in kleiner Auflage für einen begrenzten Personenkreis erschienen sind und daher nur selten in einem öffentlichen Katalog auftauchen. Das älteste Buch ist das „Cautio Criminalis, de Processibus contra Sagas“ von Friedrich Spee von Langenfeld aus dem Jahr 1631, die jüngsten Druckwerke die in Paderborn erscheinenden Zeitungen und Zeitschriften, die tagesaktuell archiviert werden.
Die Paderborner Wochen- und Tageszeitungen ab der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts können auf Mikrofilm eingesehen werden, ein großer Teil des Zeitungsbestandes ist bereits digitalisiert und im Lesesaal recherchierbar. Einige Paderborner Zeitungen aus der Zeit vor 1945 stehen bereits online zur Verfügung (vgl. https://zeitpunkt.nrw/).
Innerhalb der Bibliothek gibt es zwei Sonderbestände: die Bibliothek des Schulmuseums Paderborn und die Verlagsbibliothek Schöningh.