Der Bestand des Archivs umfasst amtliches und nichtamtliches Archivgut der Stadt Bad Honnef mit seinen Stadtteilen Stadtmitte, Rhöndorf, Selhof und dem Stadtbezirk Aegidienberg vom 14. Jahrhundert bis heute. Ergänzt wird der Bestand durch ein umfangreiches Bildarchiv mit einer fotografischen Sammlung zur Stadtgeschichte, eine Ansichtskartensammlung, einer graphischen Sammlung, sowie der städtischen Gemäldesammlung. Des Weiteren führt das Archiv eine sich ständig erweiternde Präsenzbibliothek mit Publikationen und Periodika zur Archivwissenschaft, Stadt-, Regional- und Rheinischen Landesgeschichte.

Bestand:

• Anniversarium von Heinrich I. von Löwenberg und Agnes von Cuyk 1333
• Gemeinde/ Stadt Honnef 1776-1969
• Kurstadt Bad Honnef ab 1969
• Ratsprotokolle ab 1846
• Geburtsregister 1852-1913
• Heiratsregister 1852-1943
• Sterberegister 1852-1993 
• Protokollbücher der Gemeinde Aegidienberg 1868-1952
• Niederschriften der Ratssitzungen der Gemeinde Aegidienberg 1955-1969
• Abschriften der Kirchenbücher der katholischen Pfarrkirche St. Johann Baptist von 1632 bis 1769, sowie des Sterbebuchs von 1770 bis 1809

Sammlungen und Nachlässe:

• Regionalhistorische Zeitschriftenausschnittsammlung von Heinz Willi Fleischhacker
• Sammlung Hans Eckstaedt
• Nachlass des Malers Hugo Gülden
• Teilnachlass Adolf Kaiser Kolonialwaren
• Teilnachlass des Künstlers Karl Menser

Bestand regionaler Zeitschriften:

1. Bad Honnefer Wochenzeitung 2006 (1. Jg., Nr. 1, 18. 8.) – 2020 (15. Jg., Nr. 745, 17. 12.)
2. Honnefer Volkszeitung 1985 (104. Jg. Nr. 126, 1./ 2. 6.) – 2002 (121. Jg. Nr. 148, 29./ 30. 6.) [Ältere Einzelexemplare: 1900 (15. Jg.: 17. 5.; 18. 5.), 1921 (38. Jg. 15. 8.), 1922 (39. Jg. 27. 10.), 1925 (42. Jg. 15. 8.), 1975 (94. Jg. 14.11.), 1981 (100 Jahre Jubiläumsausgabe, 24.-27. 12.)]
3. Honnefer Sonntagszeitung 2002 (Nr. 1, 18. 8.) – 2006 (Nr. 208, 6. 8.)
4. Rheinkiesel 2003 (7. Jg., Heft 4 und 12) – 2024 (28. Jg., Heft 1-4; 6-12)
5. Der Rheinländer 2008 (1. Jg., Heft 1, September) – 2012 (5. Jg., Heft 45, Mai)
6. Rundblick Siebengebirge 2006 (8. Jg., 19.8.) – 2023 (25. Jg., 7.10.)