Die Stadtgeschichte spiegelt sich nicht nur in der amtlichen Überlieferung, sondern auch in zahlreichen im Archiv vorhandenen privaten Unterlagen wider. So kommen zu dem teilweise mehrere Jahrhunderte alten Verwaltungsschriftgut rund 420 Nachlässe und Sammlungen von Bürger*innen, Vereinen und Firmen hinzu, außerdem noch Sonderbestände, so etwa zur Kriegs- und Besatzungszeit, sowie Sondersammlungen, darunter Plakate und Flugblätter, Karten und Pläne, Münzen und Medaillen sowie Briefe von Bonner Persönlichkeiten (Autografen).

Das Stadtarchiv ist um eine ständige Ergänzung seiner Bestände bemüht: Für eine Übernahme in Frage kommen Nachlässe von Bonner Persönlichkeiten aus den verschiedensten Bereichen von Politik, Kultur, Wissenschaft und Wirtschaft ebenso wie Sammlungen, die sich mit der Stadt im weitesten Sinn beschäftigen. Auch Unterlagen von Bonner Bürger*innen können für die Stadtgeschichte von Interesse sein und stellen wie etwa im Falle von Tagebüchern und Briefen (z.B. aus der Zeit des Ersten und Zweiten Weltkriegs) wichtige Zeitdokumente dar.